John Watson a une sœur aînée nommée Harriet Watson (Surnommée "Harry" ) qu'il ne voit pas souvent -peut-être parce qu'elle est alcoolique- ainsi qu'une autre sœur benjamine J. Pandora Watson. Il est né apparemment au mois d'Octobre, et est actuellement dans la quarantaine.
Ils ont tous été élevé par leurs parents, dans la banlieue londonienne, mais il n'y a que peu de chose à dire sur sa jeunesse. Calme, brillant dans les études, il se tourne d'abord naturellement vers les études de médecine. Il s'est ensuite tourné vers une carrière dans la médecine militaire, car il lui semblait avoir un devoir à accomplir, et une "famille" à retrouver, la sienne partant en lambeaux. Mais, jeune homme assez solitaire, il ne s'en ait jamais réellement plaint.
John a été formé à l'Hôpital de Saint-Barthélemy en tant que médecin de l'armée britannique et a servi comme capitaine dans la cinquième Northumberland Fusiliers. Il a été déployé en Afghanistan, où il a servi pendant trois ans avant d'être tiré dans l'épaule. Il a récupéré de la blessure physique, mais a été laissé avec un traumatisme psychologique : une boiterie psychosomatique à la jambe et un tremblement intermittent dans sa main gauche (dominant ). La boiterie était assez mauvaise pour exiger une canne pour l'aider à marcher, et peu de temps après il a été libéré du service.
Il parle rarement de ce qu'il a vu là bas, mais on sait qu'il a été marqué assez profondément.
John voyait un thérapeute pour stress post-traumatique, mais ils n'ont pas fait beaucoup de progrès. Dans le cadre de son traitement, il a été chargé de tenir un blog pour enregistrer chaque jour la vie quotidienne et ses pensées et ses sentiments alors qu'il ajustait à la vie civile après avoir quitté l'armée. Cependant, il n'a pas réussi à garder contact avec elle, affirmant, "Rien ne m'arrive. "
En réalité, le syndrome post traumatique n'est pas réellement ce dont est atteint le docteur. Il a beaucoup de mal à se faire à une vie civile normale, car l'action lui manque (bien que cela ne se voit guère se l'extérieur). Il se sentait utile sur la ligne de front, avec un but. De retour à Londres, sa vie lui semble avoir perdue de sens.
Suite à une discussion avec un ami, il rencontre Sherlock Holmes. Bien que ne se liant pourtant à peu de gens, il emménagera avec lui quelques jours plus tard, au 221B, Baker Street.
Il va vite créer une amitié avec Holmes, notamment en l'accompagnant dans ses enquêtes.
Ces enquête vont lui permettre de retrouver l'action qui lui manquait tant, à travers un nouveau champ de bataille : Londres. La première sera, comme les autres par la suite, relatée dans son blog, il s'agit "D'une Etude en Rose". Lors de cette première enquête, il sera assez vite fasciné par l'intelligence de son camarade, tout en découvrant assez rapidement ses défauts. Néanmoins, dès celle ci, il réalise qu'il poureait retrouver ce dont il a besoin, et cela a un apsect flagrant lorsqu'il se met à courir sans aucun problème.
Son
blog.
Par la suite, plus le nombre d'enquêtes augmentera, plus leur amitié se soudera.
Ils affronteront beaucoup d'ennemis, John sera parfois kidnappé ou sévèrement mis en danger jusqu'à ce que James Moriarty fasse son apparition et décide de ruiner l'image de Holmes. Ceci se terminera par le saut de Sherlock du haut d'un immeuble et la mort du seigneur du crime. La disparition du détective affectera beaucoup Watson, qui rentrera dans une sorte de dépression.
Néanmoins, c'est durant cette sombre période qu'il rencontre Mary Morstan, avec laquelle il se mettra en couple avant de la demander en mariage.
Lors de la soirée de la demande, deux ans après la disparition de Holmes, ce dernier réapparaît, sans avoir l'air de se soucier de l'état de son ami.
Malgré sa colère, John est bien heureux de retrouver Holmes et lui demande d'être son témoin de mariage, ce qui donnera lieu à une autre enquête et à apprendre sa futur paternité.
Lors de leur dernière enquête en date, Watson a du faire face à un problème personnel de taille : Sa femme a eu un passé houleux et honteux. Il décide néanmoins de passer outre, et de ne se tourner que vers leur avenir.
A l'heure actuelle, il semblerait que le Dr Watson soit toujours dans une enquête avec Holmes, sur l'éventuel retour d'une connaissance.